Ξεκίνησε την καριέρα του, από την Νιούελς Ολντ Μπόις, σύντομα ξεχώρισε στους νέους και προωθήθηκε στην ανδρική ομάδα του συλλόγου. Αγωνίστηκε με την πρώτη ομάδα την αγωνιστική περίοδο 1988-89 και με την απόδοσή του κέρδισε μεταγραφή στην Ρίβερ Πλέιτ. Στην ιστορικότερη ομάδα της χώρας του, από άποψη πρωταθλημάτων (πολυνίκης του θεσμού), παρόλο που οι εμφανίσεις του ήταν εντυπωσιακές, δεν στέριωσε πέραν μιας σεζόν, λόγω της κόντρας που είχε αναπτύξει με τον προπονητή του Ντανιέλ Πασαρέλα. Έχοντας μείνει εκτός ομάδας, στο δεύτερο μισό της χρονιάς 1989-90, η Μπόκα Τζούνιορς άρπαξε την ευκαιρία και τον απέκτησε για την περίοδο 1990-91. Ο Μπατιστούτα όμως είχε μείνει πίσω σε θέματα φυσικής κατάστασης, λόγω της αποχής του και δεν κατάφερε να φτάσει στην κατάλληλη φόρμα.
Φιορεντίνα
Το καλοκαίρι του 1991, ο Αργεντινός επιθετικός, υπέγραψε συμβόλαιο συνεργασίας με την ιταλική Φιορεντίνα. Εκεί θα παραμείνει σχεδόν όλη του την καριέρα, αφού θα αποχωρήσει από την Φλορεντία έπειτα από εννέα περιόδους. Την σεζόν 1993-94, ο ομάδα αγωνίστηκε στην Σέριε Β, και κατέκτησε την πρώτη θέση επιστρέφοντας στην πρώτη κατηγορία. Δύο χρονιές αργότερα (1996), κατέκτησε το Κύπελλο Ιταλίας και το Σούπερ Καπ. Σε προσωπικό επίπεδο, ο ίδιος αναδείχτηκε πρώτος σκόρερ της Σέριε Α την σεζόν 1994-95 και πρώτος σκόρερ στο Ιταλικό Κύπελλο την χρονιά που το κατέκτησε η Φιορεντίνα. Επίσης το 1999, αναδείχτηκε Καλύτερος Ξένος Ποδοσφαιριστής του Ιταλικού Πρωταθλήματος. Μέχρι και το τέλος της θητείας του στην ομάδα, έγινε ο πρώτος σκόρερ όλων των εποχών στην ιστορία της.
Ρόμα (& Ίντερ)
Μετά από 10 χρόνια στην Φιορεντίνα, παραχωρήθηκε έναντι 70 δισ. ιταλικών λιρών, το καλοκαίρι του 2000 στην Ρόμα. Στην Ρώμη παρέμεινε για τρεις σεζόν, στις οποίες στέφθηκε με τους πρωτευουσιάνους Πρωταθλητής Ιταλίας, κατακτώντας την Σέριε Α το 2001. Την ίδια χρονιά κατακτήθηκε και το Σούπερ Καπ. Την σεζόν 2002-03, ο Μπατιστούτα δεν κατάφερε να φτάσει τα υψηλά στάνταρ της απόδοσής του και στα μέσα της σεζόν, παραχωρήθηκε δανεικός στην Ίντερ. Στο τέλος της περιόδου, μένοντας σε μέτριες αποδόσεις, αποχώρησε από το ιταλικό πρωτάθλημα μετά από 12 χρόνια, μένοντας ελεύθερος από την Ρόμα.
Το τέλος της καριέρας στο Κατάρ
Έχοντας πετύχει όλους τους στόχους της καριέρας του, στην Ιταλία, ο Μπατιστούτα αποδέχτηκε πρόταση συνεργασίας με την ομάδα του Κατάρ, Αλ-Αραμπί. Την πρώτη του σεζόν εκεί, το 2003-04, αναδείχτηκε πρώτος σκόρερ του Πρωταθλήματος της χώρας, καταρρίπτοντας το ρεκόρ περισσότερων τερμάτων σε μια χρονιά, που κατείχε ο ντόπιος Μανσούρ Μουφτάχ, με 24 γκολ. Ο Αργεντινός πέτυχε 25 σε 18 αγώνες. Μετά από τρεις αγωνιστικές της περιόδου 2004-05, πήρε την απόφαση να μην συνεχίσει το ποδόσφαιρο, σε ηλικία 35 ετών.
Εθνική Αργεντινής
Με την εθνική ομάδα της χώρας του, την Αργεντινή, έχει αγωνιστεί 78 φορές, πετυχαίνοντας 54 γκολ (κατάλογος ποδοσφαιριστών ανδρών με 50 ή περισσότερα διεθνή γκολ). Είναι ο δεύτερος σκόρερ όλων των εποχών στην ιστορία της εθνικής Αργεντινής, ενώ ήταν πρώτος μέχρι που ξεπεράστηκε από το Λιονέλ Μέσι. Έχει συμμετάσχει σε τρία Παγκόσμια Κύπελλα, κατακτώντας την δεύτερη θέση των σκόρερ το 1998 στην Γαλλία και την τρίτη το 1994 στις Ηνωμένες Πολιτείες Αμερικής. Το τρίτο του Μουντιάλ ήταν του 2002 στην Νότια Κορέα και Ιαπωνία, όπου όταν αποκλείστηκε η Αργεντινή, ο ίδιος σταμάτησε την καριέρα του ως διεθνής.
Με την Αργεντινή, κατέκτησε Κόπα Αμέρικα, το 1991 και το 1993 και ένα Κύπελλο Συνομοσπονδιών ΦΙΦΑ το 1992. Επίσης αναδείχτηκε πρώτος σκόρερ στις διοργανώσεις Κόπα Αμέρικα του 1991 και του 1995. Τέλος έχει ψηφιστεί ο Καλύτερος Αργεντινός Ποδοσφαιριστής της χρονιάς 1998 και Τρίτος Καλύτερος Ποδοσφαιριστής στον Κόσμο, το 1999.
